Jednou z prvních iniciativ nově vzniklého Ústavu pro studium totalitních režimů v roce 2008 byla snaha zdokumentovat protesty proti okupaci Československa v zemích, které se na ní podílely, a zachytit vzpomínky vybraných aktérů protestů. Při příležitosti 40. výročí okupace v srpnu 2008 se Ústavu podařilo ve spolupráci s Úřadem vlády ČR pozvat do České republiky zástupce účastníků protestů z bývalého Sovětského svazu, NDR, Polska, Bulharska a Maďarska. K tomuto výročí Ústav připravil i rozsáhlou výstavu dotýkající se tématu protestů a publikaci o protestu Ryszarda Siwce. Během návštěvy disidentů se podařilo zaznamenat jejich vzpomínky nejen na samotné protesty. Rozhovory se dotýkají i rodinného, kulturního, popřípadě náboženského a společenského zázemí, studia, zaměstnání, společenské angažovanosti dotazovaného, vnímání Pražského jara. Hlavním cílem bylo zachytit životní osudy lidí, kteří byli ochotni veřejně vystoupit proti invazi do Československa, dokumentovat jejich motivaci, účast na protestech a důsledky, které museli nést, prostřednictvím jejich osobní zkušenosti přiblížit každodenní život v socialistických zemích sovětského bloku, získat popis politické a společenské situace v těchto zemích, opozičního hnutí a represivních metod tamních režimů. V roce 2009 Ústav inicioval přejmenování ulice, ve které sídlí, na památku Poláka Ryszarda Siwce, který se na protest proti okupaci upálil. Před Ústavem byl odhalen i památník věnovaný Siwcovi. Ve stejném roce pozval Ústav do České republiky Elijahu Ripse při příležitosti 40. výročí jeho protestu, kdy se jako mladý student rozhodl následovat čin Jana Palacha a v centru lotyšské Rigy se zapálil. Na základě získaných rozhovorů a výzkumu v daných zemích se podařilo sestavit a v roce 2010 vydat ve spolupráci s nakladatelstvím Torst shrnující publikaci na toto téma pod názvem Za vaši a naši svobodu. Protestních aktů v zemích Varšavské smlouvy proti účasti jejich armád na udušení Pražského jara byly tisíce. Například v roce 2008 sestavili Gennadij Kuzovkin a Alexej Makarov z ruského občanského sdružení Memorial seznam sto šedesáti osob (pod názvem Ljudi avgusta 1968, Lidé srpna 1968), které protestovaly v Sovětském svazu. Ruský historik Alexander Daniel, který se podílel na vzniku publikace Za vaši a naši svobodu, dohledal v roce 2010 dalších padesát případů. V ostatních zemích se jednalo o desítky až stovky protestů. Ústav se tedy i nadále snaží zaznamenávat rozhovory s dalšími protestujícími a připomínat jejich osudy. Z knížky historika Ústavu Petra Blažka vychází také publikace o Ryszardu Siwcovi, kterou v roce 2010 vydal polský IPN. ÚSTR se podílel i na webovém projektu věnovaném Janu Palachovi, mj. stránkami o Ryszardu Siwcovi a o Vasylu Makuchovi. V roce 2011 vydal Ústav společně s nakladatelstvím Torst knihu Josefa Pazderky Invaze. Ruský pohled. V roce 2012 připravil opět společně s nakladatelstvím Torst český překlad knihy Poledne od Natalie Gorbaněvské – stěžejní dokument o demonstraci na Rudém náměstí. Na jaře roku 2013 přijel do Československa na pozvání Ústavu, nakladatelství Volvox Globator a Knihovny Václava Havla disident Vladimir Bukovský při příležitosti vydání své knihy A vítr se vrací, která se dotýká i protestů proti okupaci, s jejichž aktéry se Bukovský často osobně znal. V témže roce, v předvečer 45. výročí okupace, se Ústavu podařilo zaznamenat rozhovory se dvěma u nás dosud neznámými protestujícími z Lotyška – Aldisem Cilinskisem a Ivanem Jachimovičem. Aldis Cilinskis navíc přijal při příležitosti výročí svého protestu pozvání do České republiky. Většina rozhovorů s účastníky protestů byla přeložena do českého jazyka a přetištěna v publikaci Za vaši a naši svobodu.