Narodil se 4. ledna 1909 a pocházel z Cetkovic u Blanska z rodiny drobných zemědělců. V rodné vesnici vychodil obecnou školu a reálné gymnázium vystudoval v Jevíčku, kde v roce 1927 maturoval. Po teologických studiích v Brně byl 19. března 1932 biskupem Kupkou vysvěcen na kněze. Následující rok kaplanoval v Křtinách. V roce 1933 odjel na vyšší biblická studia do Jeruzaléma, kde zároveň působil jako vicerektor hospice sv. Rodiny pro poutníky. Zasloužil se zde o stavbu České smírné kaple na Hoře Olivové, jež byla vysvěcena v roce 1935. Po návratu do Brna složil po předchozích studiích doktorát z teologie a obhájil doktorskou práci Působení papežských legátů v Čechách v XI. století. Od roku 1936 byl dva roky prefektem chlapeckého semináře v Brně, od roku 1938 se stal profesorem biblistiky, hebrejštiny a orientálních jazyků na teologickém učilišti v Brně. Byl odborníkem především na Starý zákon. Současně byl rektorem Sušilových kolejí. Na teologickém učilišti působil do dubna 1948, kdy nastoupil jako profesor v brněnském alumnátě. Zde pracoval až do srpna 1950. Po likvidaci všech teologických a řádových učilišť u nás v roce 1950 a po vytvoření nové Cyrilometodějské fakulty v Praze byl v říjnu 1950 jmenován jejím profesorem, což ale vzhledem k nesouhlasu většiny kněží a biskupů s touto institucí pro vstřícný postoj jejího vedení ke komunistickému režimu nepřijal. Profesorské místo odmítl s odůvodněním, že byl jmenován v září 1950 kaplanem u sv. Jakuba v Brně a cítí se vytížen. Během podzimu 1950 se léčil několik týdnů v zemské nemocnici u sv. Anny. Zde jej navštívila jeho známá paní Marie Petrová, zaměstnaná na ředitelství národní bezpečnosti v Brně. Svěřil se jí, že nechce nastoupit na pražskou fakultu. Kvůli oprávněné obavě ze zatčení se po několikatýdenním opakovaném léčení rozhodl odejít za hranice. Paní Petrová mu přislíbila zajistit přechod přes hranice s pomocí Josefa Šedivého. V lednu řekl P. Koutný své hospodyni na faře, že znovu odchází na léčení do nemocnice a dal jí cenné věci do úschovy. Od ledna 1951 se začal skrývat, mimo jiné u Marie Petrové. Petrová pak získala další kontakt na doporučeného převaděče Karla Koutského z Bratislavy. Dne 1. března 1951 s ní P. Koutný odjel do Bratislavy, kde je ráno vyzvedl na nádraží převaděč, který ze schůzky odešel s tím, že musí ještě zajistit přepravu knězova zavazadla. P. Koutný se procházel přes den s Petrovou po Bratislavě a k večeru ji doprovodil k vlaku. Poté se sešel večer s Karlem Koutským. Ten jej měl doprovodit k osobě, jež ho převeze přes Dunaj na rakouskou stranu. Po cestě k řece byli na konečné tramvaje obstoupeni třemi muži v civilu, kteří P. Koutného zatkli. Následujícího dne byl převezen do vazby v Brně. Zde byl opakovaně vyslýchán pro své kontakty s vězněnými kněžími z Brna a okolí (s kaplanem P. Josefem Soukupem, s P. Vincencem Šalšou) kvůli poznatkům o skrytých církevních strukturách, vědomosti o ukrývání P. Jana Dokulila atd. Dle verze vyšetřovatelů byl ve vazbě získán pro spolupráci s StB. Poslední zpráva z vyšetřovacího svazku zní: Na příkaz řídícího orgána z 2. oddělení vedoucího strážmistra Oldřicha Čuhela byl dne 28. 4. 1951 propuštěn na svobodu J. Koutný. Bližší okolnosti nejsou známy, z jakých důvodů byl propuštěn. Tato zpráva je datována až 2. květnem 1951 a ke spisu byla připojena dodatečně, neboť už 29. dubna Státní bezpečnost příbuzným oznámila, že P. Josef Koutný byl nalezen mrtev v odstaveném vagónu na nádraží v Libině u Šumperka. Jako příčinu smrti uvedli udušení v důsledku oběšení. Dle zaznamenaného svědectví P. Josefa Vašíčka, známého P. Koutného, a jeho sestry odjeli sestra P. Koutného se svým manželem a vedoucím pohřebním služby v Šumperku p. Neuwirthem ihned do Libiny a mrtvého identifikovali. O vzpomínce sestry P. Koutného na tuto událost P. Vašíček píše: Mrtvý byl na pohled bílý, ale jedno ucho s okolím měl silně modré až zčernalé. Pan Neuwirth tehdy prohlásil: Jako vedoucí pohřební služby jsem už viděl mnohé oběšené. Zde však vůbec nevidím žádné známky takovéto příčiny smrti. Rodině nebylo umožněno, aby si zemřelého prohlédla zblízka, při pohřbu střežila rakev hlídka StB, aby nedošlo k jejímu případnému otevření. Verze StB o sebevraždě P. Koutného má tedy vážné trhliny a vzhledem k podlitinám na těle a přísným opatřením při pohřbu nutně vybízí k úvaze o jeho násilné smrti při výsleších a následné kamufláži sebevraždy. Po profesoru Josefu Koutném je dnes pojmenována ulice v Brně-Líšni.