Narodil se 28. února 1893 v Brtnici, okres Jihlava. Po absolvování gymnázia se přihlásil na teologickou fakultu c. k. Karlo-Ferdinandovy university v Praze. V roce 1917 byl vysvěcen na kněze a jako kaplan nastoupil v Žeroticích. Od března do listopadu 1918 konal u 28. pěšího pluku v Jihlavě prezenční vojenskou službu, na což navázal v prosinci 1919, kdy v hodnosti kapitána působil až do dubna roku 1920 v nově se formující Československé armádě. Ještě předtím působil jako kaplan v Opatově, odkud byl pro své reformní a vlastenecké smýšlení[1] přeložen jako katecheta do Jihlavy a následně do Německého Brodu. Osloven programem obnovené Jednoty katolického duchovenstva přestoupil krátce po jejím zrodu do CČS(H). V říjnu 1921 se oženil s Annou, roz. Dvořáčkovou.[2] V roce 1921 krátce po Matěji Pavlíkovi spravoval náboženskou obec v Kroměříži, od června 1921 do srpna 1922 působil jako pomocný duchovní v Olomouci. Po celou dobu trvání diecézního listu Církve československé pro Moravu a Slezsko Za pravdou (1922–1929) byl jeho redaktorem. Od roku 1922 současně zastával funkci diecézního tajemníka v Olomouci. Jako jeden z Gorazdových nejbližších spolupracovníků se v polovině roku 1924 přidal k pravoslavnému proudu v CČS(H). Následoval Gorazda v odchodu z CČS(H) a v září 1924 byl pověřen duchovní správou nově zřízené expozitury pražské pravoslavné církevní obce ve Štěpánově u Olomouce. V hektické době poloviny dvacátých let konal četné bohoslužby a přednášky po nově vznikajících pravoslavných obcích na Moravě. Pod jeho duchovním vedením byl ve Štěpánově postaven a 1. července 1928 slavnostně vysvěcen chrám sv. Prokopa Sázavského. Na přelomu let 1929/1930 musel nemocný Josef Leixner požádat o zdravotní dovolenou. Poté byl jako tajemník eparchiální rady povolán do Prahy. V první polovině roku 1931 sloužil opět ve Štěpánově, ale v září téhož roku odešel ze zdravotních důvodů do Třebíče. Ani zde si však příliš neodpočinul, za jeho působení byl postaven chrám ve filiální obci v Opatově (1933) a nakonec i v samotné Třebíči (1940). V roce 1924 Josef Leixner ve své vánoční úvaze napsal: Jestliže dokážeme dnes prolomit kůru ledu sobeckosti, v níž vězí jako v poutech naše srdce, dokážeme to i zítra, pozítří. […] Buďme lidmi, křesťany po celý život, a to ve všem počínání. V tomto duchu, že všichni jsme dětmi jednoho Otce a s láskou máme přijímat i ty, kteří přicházejí odjinud, přistupoval Josef Leixner ke své službě i během okupace. Podobně jako duchovní v pražské pravoslavné církevní obci i on vystavoval křestní listy osobám židovského vyznání, konkrétně Heřmanu Bretschneiderovi, drážnímu inspektorovi v Jihlavě. Na adresu dr. Vladimíra Petřka již od roku 1941 rovněž opakovaně posílal potravinové balíčky, aniž přesně znal jejich příjemce. O těch se dozvěděl až po 18. červnu 1942. Následující týdny se nesly v modlitbách za zatčené spolubratry a v očekávání budoucnosti. Den zatčení Josefa Leixnera nastal 26. září 1942, když se právě chystal k vykonání pohřebního rozloučení. Mezitím byla již jeho dcera Dana donucena k vydání klíčů od třebíčského pravoslavného chrámu, který byl Gestapem následně vyrabován. Právě otloukali prkna na půdě chrámu, zdali tam nejsou ukryté zbraně. Ke gestapákům přistoupil službu konající místní četník a držel můj náprsní kříž, který jsem dostal od vladyky metropolity Dositeje, a prosil, aby mu jej dali. Chtěl aspoň tuto pro mě drahou památku zachránit. Nedali. Vše složili do beden a odváželi i se mnou na faru. Po zatčení a domovní prohlídce, při které mu bylo zabaveno vše, co mělo nějakou spojitost s pravoslavím, byl převezen do věznice v Jihlavě, odkud ho pracovní úřad 2. února 1943 odeslal na nucené práce do Stolpu v Pomořansku. Na pobřeží Baltského moře pracoval jako údržbář lokomotiv a zámečník až do 1. července 1944. V odloučení od manželky, dcer i církevní rodiny ho posiloval Gorazdův sborník, který mu přivezl jeden z dělníků z dovolené v protektorátu a Písmo zaslané českobratrským farářem. Když u něho v polovině roku 1944 propuklo vředové onemocnění na dvanácterníku a byl nutný rychlý operační zákrok, němečtí lékaři rozhodli, že bude nejlépe operaci provést v místě farářova bydliště, tedy v Třebíči. Zde s vydatnou pomocí místních lékařů mohl zůstat ve stavu nemocných až do konce dubna 1945, přičemž se následně až do osvobození ukrýval v Opatově. Vedení duchovní správy v třebíčské církevní obci se opět ujal 8. května 1945. Po několikaměsíčním působení v Třebíči se od listopadu 1946 ujal duchovní správy pražské církevní obce, kde se mimo jiné podílel na obnově katedrálního chrámu sv. Cyrila a Metoděje. Vedle členství v eparchiální radě se věnoval publikační činnosti a redigování Hlasu pravoslaví. Zádušní svatá liturgie a následná panychida za o. Josefa Leixnera se konala 4. ledna 1971 v pražském chrámu sv. Cyrila a Metoděje. Bohoslužby vykonal vladyka metropolita Dorotej, stejně jako pohřební obřad následujícího dne v Opatově. Před uložením zesnulého zaznělo z úst loučícího se kněze přání, aby na něj v té chvíli rozloučení přešlo něco z píle a misijní horlivosti zemřelého faráře, jako přešly duchovní dary z proroka Eliáše na Elizea.