V roce 2009 byl zahájen jeden z dílčích projektů, který je součástí mapování odboje a perzekuce českých občanů za druhé světové války a následně v období komunismu. Projekt je zaměřen na postupnou dokumentaci duchovních z řad křesťanských církví, především pak na duchovní katolické církve, Českobratrské církve evangelické, Jednoty bratrské, Jednoty českobratrské, Církve československé (husitské) a Pravoslavné církve. Samotný projekt se dělí na dvě samostatné části – období nacismu a komunismu – které na sebe navazují a jejichž výsledky budeme v závěru projektu komparovat. V první části chceme zvláštní pozornost věnovat nezpracovanému tématu českých duchovních (včetně českých Němců) uvězněných, popravených a zavražděných v koncentračních táborech i těm, kteří se z těchto vězeňských zařízení vrátili. Budeme mapovat jednotlivá místa, vězeňská zařízení a popraviště, kterými prošli. Po rozpracování rozsudků můžeme také sledovat jejich motivy a prostředky odporu i proměny v tvrdosti udílených trestů během nacistické vlády. Součástí projektu bude vytvoření přehledu o zapojení duchovních do různých forem národního odboje: exilové vlády, zahraniční armády, rozvědné služby apod. Druhá část projektu plynule navazuje na předchozí, neboť účastníci křesťanského odboje a perzekvovaní v období protektorátu Čechy a Morava se ve své většině stali i nepřáteli hegemonistického režimu levicového typu a opět končili ve věznicích. Záměrem celého projektu je nejen zaznamenat osudy těchto lidí a církví v době totalitních režimů, ale také vnést do povědomí společnosti méně známá témata, jako je např. zápas křesťanů proti germanizaci a pokřivení českých dějin v době nacismu, způsoby obrany proti ideologickému působení při výchově dětí a mládeže v letech komunistického režimu či soustavnost pronásledování katolické církve během celého období komunistické vlády v Československu. Výsledky našeho výzkumu budou průběžně prezentovány na webových stránkách Ústavu pro studium totalitních režimů, dále v podobě článků a studií v časopise Paměť a dějiny a ve sborníku Securitas Imperii a formou výstav. Naším záměrem je zakončit tento dlouhodobý projekt monografií s životopisnými medailony jednotlivých duchovních křesťanských církví, kteří se zapojili do odboje, případně se pro své přesvědčení stali obětí mašinérie totalitních režimů.