Narodil se 8. února 1899 v Ústí nad Orlicí jako syn továrního dělníka. Rodina žila velmi skromně a vyrůstalo v ní devět dětí. Po ukončení obecné školy pokračoval až do roku 1913 na místní měšťanské škole. Původně se měl vyučit řemeslu, ale díky přispění dobrodinců a přátel rodiny, kteří rozpoznali jeho nadání, mohl jít studovat na církevní gymnázium do Hradce Králové a po maturitě v roce 1920 zde vstoupil do kněžského semináře. Teologická studia dokončil v roce 1924 a na kněze byl vysvěcen v Hradci Králové 29. června 1924. Jako kaplan nastoupil do farnosti Libštát. Poté vystřídal v průběhu 20. a 30. let řadu kněžských působišť – Třebechovice pod Orebem, Vysoký Újezd, Městec Králové, Zvole, Nové Hrady u Vysokého Mýta. V roce 1937 zakotvil v Žamberku. Stal se děkanem, biskupským notářem a biskupským vikářem. Jeho oblíbenou činností byl zpěv a hra na hudební nástroje: housle, harmonium a varhany. Za druhé světové války se zapojil do odboje proti nacistům. Po válce se stal členem Obvodního národního výboru (ONV) v Žamberku a jeho rady, v níž pracoval jako dopravní referent. Členem ONV byl až do roku 1947, kdy kvůli jmenování biskupským vikářem žamberského vikariátu tuto politickou funkci opustil. Byl také prvním iniciátorem opravy poničeného poutního kostela v Neratově. Pravidelně sloužíval mše svaté pro personál i pacienty v žamberském Albertinu a navštěvoval místní sirotčinec. Aktivně pracoval v Čsl. straně lidové, po roce 1945 jako předseda místní a okresní organizace, angažoval se v Orlu a v Charitě. Po komunistickém převratu byl poprvé zatčen 1. února 1949, do května jej vyšetřovali ve vazbě v Pardubicích, pak krátce v Chrudimi. Dne 3. června 1949 byl výnosem komise Krajského národního výboru v Pardubicích bez soudního rozhodnutí zařazen do Tábora nucených prací (TNP) v Pardubicích, kde měl strávit dva roky. Ve výměru komise bylo toto rozhodnutí odůvodněno kontakty děkana s vedoucím ilegální organizace, o jehož činnosti věděl a neoznámil ji. Proti tomuto rozhodnutí si podal 23. června t. r. u KNV žádost o propuštění z TNP nebo alespoň snížení doby pobytu v táboře. Uvedl v něm, že žádnou protistátní činnost nepodnikal, a pokud šlo o jeho kontakty s tzv. nebezpečnou osobou – Ing. Žemlou z Pardubic, setkal se s ním pouze několikrát na lidoveckých schůzích. Na svou obhajobu také uvedl, že ani vyšetřování Státní bezpečností neprokázalo jeho vinu, a navíc má zdravotní problémy (prodělaný zánět pohrudnice, vada zraku), takže není schopen těžší manuální práce. Z TNP byl propuštěn už 26. listopadu téhož roku, pravděpodobně díky amnestii vztahující se i na duchovní s menšími tresty, a vrátil se zpátky na děkanství do Žamberka. K druhému zatčení P. Jakubce došlo v noci 12. prosince 1949. Byl obviněn z kontaktů s protistátní organizací (jednalo se o několik schůzek lidovců v čele s poslancem F. Desenským v Žamberku po únoru 1948, kde hovořili o dalším pokračování strany, a o kontaktech na lidovce na Pardubicku), ze zcizování kostelních sbírek (P. Jakubec jako pokladník v lidové straně obstarával také finanční pomoc rodinám, jejichž blízcí odešli před hrozící perzekucí do emigrace nebo už byli uvězněni, navíc odmítl vyzradit skutečné dárce) a z rozšiřování protistátních tiskovin (oficiální pastýřské listy, protestní dopis arcibiskupa J. Berana Dr. Čepičkovi a Plojharovi proti církevní politice státu). Děkan Jakubec byl vyšetřován ve vazbě v Hradci Králové a souzen v rámci čtrnáctičlenné skupiny lidovců a věřících z Žamberska spolu s dalšími dvěma kněžími – P. Karlem Šrajbrem a P. Miloslavem Kopeckým. Proces proběhl ve dnech 24.–25. října 1950 před Státním soudem v Praze a děkan Jakubec byl odsouzen za velezradu a vyzvědačství na dvacet let. Nejprve byl převezen do Plzně na Bory, později eskortován na Mírov. V roce 1954 se u něj na Mírově projevilo závažné onemocnění – chronický zánět průdušek a rakovina plic. Během roku 1954 byl několikrát léčen ve vězeňské nemocnici a při zákroku mu byla odňata celá levá plíce. Poté pokračovala léčba ozařováním. Začátkem ledna se jeho zdravotní stav dále zhoršil – objevily se zvětšené uzliny na krku, také v oblasti hrudníku a břicha. V této době už trpěl velkými bolestmi. Při vyšetření v lednu 1955 ve fakultní nemocnici v Brně u něj byly zjištěny rakovinné metastázy po celém těle. Vězeňský lékař z Mírova, kapitán MUDr. M. Pučálka, 25. května 1955 charakterizoval zdravotní stav P. Jakubce jako beznadějný, rakovinné metastázy byly u nemocného rozšířeny již po celém těle. Lékař konstatoval, že se dá očekávat smrt pacienta během jednoho až dvou měsíců, a proto navrhl naléhavě jeho propuštění. Ani toto doporučení vězeňského lékaře, ani opakovaná žádost vězně samotného a jeho setry nepřiměly krajského prokurátora k povolení přerušení trestu či propuštění. P. Jakubec byl na poslední návštěvu, kdy se setkal se svou sestrou a synovcem Václavem, přinesen na nosítkách a prosil, aby jej pohřbili v rodném městě. Zemřel na Mírově 27. června 1955 a o dva dny později byl i přes své poslední přání pohřben na tamním vězeňském hřbitově. Rodina nebyla o jeho úmrtí uvědoměna a dověděla se o něm teprve při urgenci žádosti o přerušení výkonu trestu pro zdravotní stav vězněného. Příbuzní dostali odpověď, že je jejich žádost bezpředmětná, protože odsouzený před měsícem zemřel. V roce 1968 požádala rodina o exhumaci ostatků P. Jakubce a jejich převezení na hřbitov do Ústí nad Orlicí. Okresní hygienik povolení vydal, správa věznice však tuto žádost odmítla s odvoláním na údajné zrušení vězeňského hřbitova. Zamítnutí žádosti bylo především dílem okresní organizace KSČ.