Sedmé dítě rolníka Josefa Zely a Aloisie, rozené Vaculíkové. Po absolvování obecné školy byl i přes obtížné rodinné životní poměry rodiči poslán na naléhání učitelů na klasické gymnázium do Přerova. Po maturitě v roce 1913 vstoupil do kněžského semináře v Olomouci, kde studoval i na bohoslovecké fakultě. V červenci 1917 byl vysvěcen na kněze a poslán jako pomocný kněz do Fryštáku u Holešova. Od února 1920 postupně zastával místo druhého tajemníka a obřadníka u olomouckých biskupů L. Skrbenského, A. J. Stojana a L. Prečana. U posledně jmenovaného arcibiskupa sloužil nepřetržitě v letech 1923 až do jeho smrti v roce 1947. Na konci roku 1939 byl krátce vězněn v koncentračních táborech Dachau a Buchenwald. Od roku 1941 světící biskup olomoucký. V roce 1947 byl olomouckou kapitulou zvolen správcem olomoucké arcidiecéze, tj. kapitulním vikářem. V říjnu 1948 byl arcibiskupem Josefem Matochou jmenován generálním vikářem olomoucké arcidiecéze. K pohnutkám, které vedly biskupa Zelu k trestné činnosti, se sám odsouzený ve vězeňském dotazníku vyjádřil, že se pouze snažil zůstat věrný slibu, který složil do rukou svých představených. Toto konstatování mnohé vypovídá o jeho konání po únoru 1948. Stanislav Zela byl především viněn, že se podílel na tajném praktikování mimořádných fakult, které po vzoru tzv. mexických fakult udělil Svatý Stolec ohrožené církvi, aby mohla pokračovat ve své činnosti i v případě pronásledování. Právě podle těchto fakult byl arcibiskupem Matochou tajně vysvěcen na biskupa pro olomouckou arcidiecézi František Tomášek. Vedle zavádění mimořádných fakult byl S. Zela obviněn i ze spolupráce a spoluorganizování Pastoračního referátu olomoucké arcidiecéze, jeho osoba byla spolu s dalšími vybranými jmény obviněna i z kolaborace a podvodu. K zatčení S. Zely došlo 18. července 1950. Celý proces, do kterého byl zařazen a který nese jeho jméno (někdy je také nazýván procesem s pomocníky biskupů – obdobný proces na Slovensku byl pojmenován „Vojtaššák a spol.“), byl dokonale připraven a naplánován. Na jeho výrobě se podílela koordinační komise složená ze zástupců SÚC, ministerstva spravedlnosti, národní obrany a státní prokuratury. Státní soud zasedal v Praze ve dnech 27. listopadu–2. prosince 1950. Senátu předsedal JUDr. Jaroslav Novák, žalobu zastupovali prokurátoři JUDr. Karel Čížek a JUDr. Ján Feješ. Biskup Zela byl pro zločiny velezrady, vyzvědačství, podvodu a veřejného násilí zlomyslným konáním za okolností zvláště nebezpečných odsouzen k 25 letům těžkého žaláře, peněžitému trestu ve výši 100 000 Kčs, konfiskaci veškerého majetku a odnětí občanských práv po dobu deseti let. Po svém odsouzení prošel věznicemi Leopoldov, Mírov, Valdice, Praha-věznice č.2. Podmínečně propuštěn byl 5. října 1963 a až do své smrti držen ve faktické internaci v charitním domově v Radvanově. V červnu 1969 byl S. Zela z rozhodnutí Městského soudu v Praze plně rehabilitován.