Narodil se 8. prosince 1905 ve Dvorcích u Jihlavy jako syn železničáře. Matka si coby zbožná katolička přála, aby syn po absolvování jihlavského gymnázia odešel do semináře a stal se knězem. Jan Parkán však pomýšlel spíše na učitelskou dráhu. Osudné setkání s československým farářem Pavlem Sochrem ho ale nakonec přece jenom nasměrovalo na kněžskou dráhu, nikoli však jako kněze římskokatolické církve, ale jako faráře Církve československé (husitské) – CČS(H).[1] Jan Parkán se tedy nakonec rozhodl pro katechetskou službu v CČS(H). Na několika školách humpoleckého okresu začal coby učitel československého náboženství působit od 1. září 1926. Vědom si potřeby dalšího vzdělávání, pustil se zároveň do studia na Husově čs. evangelické bohoslovecké fakultě (1926–1931). S jeho příchodem nastalo nejen na školách, ale i v humpolecké náboženské obci CČS(H), která byla dosud administrována z Německého Brodu, radostné oživení. Dne 29. června 1928 byl Jan Parkán druhým patriarchou CČS(H) dr. Gustavem A. Procházkou vysvěcen v Praze na kněze a od 1. září 1928 byl ustanoven prvním farářem v Humpolci. Prožil zde čtyři a půl roku služby, během které si od věřících vysloužil přezdívku „zálesácký farář“, když stále putoval po odlehlých místech humpolecké náboženské obce. V Humpolci také poznal svoji ženu Marii, rozenou Šafaříkovou, se kterou uzavřel sňatek 15. srpna 1931. V červnu 1932 se manželům Parkánovým narodil jediný syn Pavel. V lednu 1933 odešel Jan Parkán jako pomocný duchovní a katecheta na exponované místo do Kolína. Bydlel zde i s rodinou na nové faře v Husově sboru, kde byl také 25. března 1943 říšskou policií zatčen. Jeho uvěznění předcházela spolupráce s kolínským učitelem Václavem Kvardou, se kterým zkoncipoval a rozšiřoval ilegální letáky, které byly tištěny v Bayerově tiskárně v Kolíně. Stejně jako většina členů skupiny „Zemanovci“ (dne 25. března 1943 bylo společně s Janem Parkánem zatčeno dalších sedm členů této skupiny,[2] kteří se scházeli v hostinci U Zemanů) patřil k pravidelným posluchačům zahraničního rozhlasu, jehož zprávy dále šířil během svých veřejných vystoupení. Těch si ale začalo všímat gestapo. Posledním impulzem k jeho zatčení se stal projev 21. března 1943 nad hrobem zemřelého školníka-legionáře. Vyšetřovací vazbu prodělal společně s dalšími kolínskými přáteli v Kutné Hoře, kde ho naposledy navštívil i jedenáctiletý syn Pavel. Dne 12. června 1943 byl farář Parkán společně s ostatními „Zemanovci“ převezen do Malé pevnosti v Terezíně, odkud byl 13. prosince 1943 s dalšími spoluvězni transportován do káznice v Gollnově u Štětína. Prostřednictvím evangelického pastora se mu zde dostala do rukou Bible, z domova získal fotografie manželky a syna. Zároveň se poprvé mohl seznámit s obžalobou. Po mnohaměsíčním věznění v samovazbě byl Jan Parkán převezen do Litoměřic k soudnímu přelíčení. Dne 9. listopadu 1944 si zde vyslechl rozsudek, kterým byl odsouzen k trestu smrti. K výkonu rozsudku byl odvezen do Drážďan, kde čekal na výsledek žádosti o milost. Naposledy ho zde navštívila manželka Marie, která společně s představiteli CČS(H) podnikala kroky na jeho záchranu. Přestože mu milost nakonec byla udělena, k adresátovi již zpráva nedoputovala. Po těžkém bombardování Drážďan v únoru 1945 byli vězni přesunuti do Míšně. Asi po čtrnácti dnech následoval další transport do Lipska. Rovněž Lipsko bylo v tomto čase silně bombardováno, částečně byla poškozena i věznice. Jan Parkán byl nakonec popraven 23. března 1945 v Halle. Jeho ostatky byly čtyři dny po popravě zaregistrovány na Gertraudenském hřbitově a byly zpopelněny. Od listopadu 1948 je urna s popelem uložena na pietním pohřebišti pro oběti nacismu. Po válce byl Jan Parkán z pověření prezidenta republiky vyznamenán in memoriam Československým válečným křížem 1939. Dne 12. října 1947 byla Janu Parkánovi na tolerančním kostele v Humpolci, kde působil jako první duchovní správce, odhalena pamětní deska. Stejné pocty se mu dostalo 2. května 1965, kdy byla pamětní deska s jeho jménem instalována rovněž v Husově sboru v Kolíně.